自闭症既然是一种发育障碍性疾病，可以说是与生俱来的，但并不是说一出生就会出现症状。三大障碍在儿童发育的不同时期表现各异，通常患儿自2岁起症状才逐渐明显。
遗传因素：部分患儿与遗传因素有关，遗传因素对孤独症的作用已趋于明确，患本病的儿童同胞中有2%～6%患本病，单卵双生子同病率高达36%。
脑器质性损害：如产伤、宫内窒息、中*、感染等，15%～50%的患儿伴癫痫发作、脑电图异常、脑CT、磁共振有非特异性改变。有的伴有神经系统体征、躯体畸形等。先天性风疹病*感染、巨细胞病*感染均可能与孤独症发病有关。
免疫功能异常：具有免疫功能的淋巴细胞数量减少，活性减低，抵抗感染的功能下降。
神经内分泌和神经递质：儿童行为与神经递质密切相关。有研究资料，认为中枢神经系统5-羟色胺和(或)多巴胺活性下降。伴有下丘脑功能障碍则可产生孤独症。也有认为本症表现孤独、与别人建立不起感情等症状是因脑内啡呔类物质的神经递质作用异常所致。
认知缺陷因素：有人提出了认知功能与社会功能相关的学说，认为心理认知缺陷损害了孤独症患儿对他人精神状态的理解能力，导致社会交往能力的缺乏，甚至对待人就像对待无生命的物体，常错误理解别人有意识的行为。
多种病因：许多研究表明、孤独症常与某些疾病同时存在，如脆性X综合征、结节性硬化、肌营养不良、先天性风疹、苯丙酮尿症以及瞟呤代谢病等，故认为孤独症是一个多种病因的神经综合征。
儿童自闭症的预防要从妊娠期开始，因为妊娠和围产期诸多因素造成的大脑损伤与儿童自闭症的发病密切相关。预防重点是加强围产期卫生保健，积极进行优生优育工作。
婴儿应尽可能用母乳喂养，注意膳食的“酸碱平衡”，有益于机体内PH值的相对稳定，使各种代谢功能协调，进而使身心保持良好的健康状态。
培育孩子的自立能力：让孩子学会自己的事情自己做，而且有意让孩子碰碰钉子，尝尝苦头。以磨炼孩子的意志力。
注重情商培育：情商即社会适应的综合能力。孩子仅仅学习成绩优良是不够的，还须懂得接受别人并让人接受自己，这也是爱的基本涵义。在培育孩子良好品德的同时，要教导孩子形成良好的性情和情感。
尽量让孩子参加集体活动：集体活动包括邻居小朋友相邀的游戏、做作业;包括学校、班级统一组织的文体活动;从集体活动中体验友谊、智慧与温暖。
不要把孩子封闭起来：经常带孩子到绿林和庄园中散步、玩耍，到公园里看飞鸟动物，看奇花异草，玩大型玩具。经常与孩子一起唱歌、跳舞、做游戏，从事极其简单的家务劳动等。这样既可增加孩子的活动量，又可使孩子得到锻炼，又可使孩子受到教育。